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Titre: Imagerie numérique en biologie

Auteurs: Christophe CHAMOT ; Tristan PIOLOT

Ecole/Université: INSERM

Résumé: L’image d’un objet est une représentation de la répartition spatiale d’une grandeur physique de cet objet. L’image est dite en 2D si les variations de la grandeur physique se produisent dans 2 dimensions de l’espace (XY), et 3D si ces variations se produisent dans les 3 dimensions de l’espace (XYZ). Chaque élément de l’image (ou pixel, pour Picture Element) représente un élément de volume (ou voxel, pour Volume PiXture Element) de l’échantillon exploré. En microscopie optique, une image est obtenue grâce à l’interaction de la lumière visible avec l’objet observé. D’autres types de rayonnement peuvent être utilisés pour obtenir des images : électrons en microscopie électronique, rayons X en radiologie, ultra-sons en échographie…

Extrait du sommaire:

Mardi 13 Mars :
– 9h00-9h30 Accueil
– 9h30-12h00 Formation et Acquisition d’une image numérique A. JOBARTMALFAIT
– 14h00-14h45 Stockage et édition numérique (formats de fichiers) C.CHAMOT
– 14h45-15h45 Introduction à ImageJ C. CHAMOT ;
– 15h45-16h00 Pause
– 16h00-17h30 T.P. ImageJ . Prise en main et opérations courantes C. CHAMOT ;
A. JOBART
Mercredi 14 Mars :
– 9h30-10h30 Filtrage spatial T. PIOLOT ; C. CHAMOT
– 10h30-11h30 T.P. Filtrage spatial T. PIOLOT ; C. CHAMOT ; Y. TOURNEUR
– 11h30-12h15 Filtrage fréquentiel Y. TOURNEUR
– 12h15-13h00 Introduction aux ondelettes T. PIOLOT ; C. CHAMOT
– 14h00-15h00 Applications du filtrage fréquentiel et des ondelettes
Y.TOURNEUR, T. PIOLOT ; C. CHAMOT
– 15h00-15h30 Morpho-mathématique. T. PIOLOT ; C. CHAMOT
– 15h30-15h45 Pause
– 15h45-16h45 T.P. morpho-mathématique T. PIOLOT ; C. CHAMOT ; Y. TOURNEUR
– 16h45-17h30 Exemple d’applications C. CHAMOT ; T. PIOLOT
Jeudi 15 Mars :
– 9h30-12h30 Co-localisation et T.P F. CORDELIÈRES, S. BOLTE
– 14h00-17h00 Déconvolution et Représentation 3D C.CHAMOT, T. PIOLOT
Vendredi 16 Mars :
Introduction à la programmation en imagerie
– 9h30-12h00 Macros sous ImageJ (automatisations de tâches, traitement
récursif) Cours : T. PIOLOT
– 14h00-16h00 Macros & plugins : Applications (ex. de tracking) C. CHAMOT ;
T. PIOLOT ; A. JOBART-MALFAIT
– 16h00-17h00 Évaluation
– Pot de fin de stage

Ondelettes et traitement du signal et d’image 59

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